У немного вас упрощённое представление. И нет аргументации. Построение программы определяется исключительно целями которые надо достичь. Когда столкнётесь с подобной задачей поймёте о чём я.

В данном случае прерывание выполняет ещё и роль критической секции.
Только в первой самой критичной части прерывания (работа с аппаратурой) запрещены вложенные прерывания. Во второй половине они маловероятны, но возможны. (второе прерываниеочень короткое - вообще без пролога).
То, что делается в этом прерывании нельзя выносить в фон. Оно обязательно должно быть выполнено до следующего такого же прерывания (раз в 0,25 мс). В этом прерывании делается самое важное. Если это не сделать "на отлично" - остальной программе грош цена.
В фоне только обработка интерфейса пользователя. Выполниться она за 1 мс или за 30 мс - мне не так важно. Сам фон разбит ещё на 2 уровня. Пожалуй эта программа самое сложное. что мне доводилось писать, а опыта у меня достаточно. Наиболее важные части написал почти идеально. Поэтому, кто, что скажет - мне как-то .. безразлично.