А конструктивно (размерами соединяемых плат) нельзя исключить поворот на 180 градусов? Поставьте эти разъёмы у обоих плат с краёв, чтобы было интуитивно понятно, что иначе фтыкаемая плата просто не влезет в корпус.

Или сделайте как в ISA-разъёмах (PCI-картах, разъёмах памяти и т.д.) - поставьте рядом (на одной прямой) два разъёма разной длины. За историю компьютерной техники ещё ни один оболтус не вставил 16-битную ISA-карту наоборот.

Можно сделать ключ, забив наглухо одну дырочку, но я не знаю, как это делается промышленным способом (принимают ли заказы на забивание дырочек конторы, занимающиеся монтажём ПП?).

Есть другие разъёмы на плату, они с ключём, но называются MiniFit :)