AVRJTAGICE-MK2 нужно использовать в качестве USB-ISP программатора. В Avr-Studio tools->Program Avr->Platform=JTAGICE mk2; PORT=USB; потом Main->Device=Atmega128. Но сигнатура не считывается, хотя сигналы MOSI, SCK и RST правдоподобны. Но нет ответа по MISO от МК. Может где еще что нужно выставить ?