Для того чтобы ответить на Ваш вопрос, задам встречный:
А у Вас есть функциональная схема вашего устройства??
если есть, то вопрос принципиально решается выводом ответственных сигналов в контрольные точки. Например можно взять какой-нибудь сигнал с контроллера и по нему судить о том, что клок есть, процессор исправен и программа залита :) и т.п. Контрольные точки нужно поставить на выходах всех функциональных блоков.


Ну а ежели Вам ошибки монтажа и ПП выявить нужно, то летающие пробники с измерителем иммитанса и таблица импедансов для каждой точки, но это долго и дорого. Ещё нужно писать спец. совт для анализа снятых данных и отбраковки изделий, ну и механическая часть неслабая будет. Легче пойти в хозяйственный магазин и купить мыло с верёвкой :)

А ежели серьёзно, то такие вещи действительно на этапе разработки должны закладываться.