Всё верно, для аценки времени выполнения конкретного алгоритма требуется знание архитектуры. Поэтому точное сравнение невозможно ни по какому параметру. Но чтобы получить общее представление человеку, именно не знающему архитектуру, удобнее MIPS. Иначе может показаться, что AT89C51 на 20 МГц имеет такую же производительность, что и ATmega48 на 20 МГц.