запускал по прерыванию "длинный" счетчик ТС1 и программный декрементный интервальный (число изм. имп.). интервальный =0 - стоп ТС1 и читаем (или использовать "захват"). хороший вариант у 51-х МК: там таймер стартует по фронту и тормозит по спаду с прерыванием - но более точно к спецам 51-х. для твоих целей может пройдет - пробуй на макете с кварцованным генератором исп. сигналов, можно взять АД9833