Посмотрите в FAQ avr-libc, там это описано на примере секции .bootloader. Трюк в вашем случае основан на том, что линкер, встретив входную секцию, размещение которой не описано в его скрипте, создает для нее одноименную выходную секцию. А уже адрес размещения этой выходной секции вы указываете в командной строке. Но более красиво, надежно и правильно - добавить вашу секцию в скрипт линкера.