1) Включаем обе платы в одинаковом режиме, смотрим сколько потребление энергии в ваттах суммарно
2) Если неодинаково в пределах 20% - ошибка разводки
3) Если одинаково и равно ватт 5-7 - то форм-фактор платы ATX рассеит их без проблем, а SOM это что-то вроде 50х100мм - там у вас будет ощутимый перегрев. Рассеивает ATX за счет площади платы, полигоны питания придают ей ощутимую теплопроводность, плюс разнесенные в пространстве миниатюрные детальки каждый отдают по десятку милливат, но если их много и они близко - уже под сотни милливат на сантиметр.

К сожалению я тоже уже как-то допустил ошибку, поставив проц с выделением тепла 3 ватта на платку размером 50х100мм. На борде размером 150х200 всё было нормально, 60С максимум, а на маленькой платке проц за 10 минут уходил на предельные свои 80С.