Программка элементарная:
в main на страиваю 2 ножки на которые подвешены светодиоды на вывод и таймер TIM1 (как в примере):
...
TIM_InitStructure.TIM_OC1_Modes = TIM_TIMING;
TIM_InitStructure.TIM_Clock_Source = TIM_CLK_APB;
TIM_InitStructure.TIM_Clock_Edge = TIM_CLK_EDGE_FALLING;
TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 199;
TIM_InitStructure.TIM_Pulse_Length_1 = 60000;
TIM_Init (TIM1, &TIM_InitStructure);
TIM_ITConfig(TIM1, TIM_IT_OC1, ENABLE);
VIC_Config(TIM1_ITLine, VIC_IRQ, 0);
VIC_ITCmd(TIM1_ITLine, ENABLE);
TIM_CounterCmd(TIM1, TIM_START);
...
В основном цикле мигаю одним светодиодом, а в прерывании - вторым.
Тот что в основном цикле - мигает, в прерывании - нет:
void TIM1_IRQHandler(void){
TIM_ClearFlag(TIM1, TIM_FLAG_OC1);
TIM_CounterCmd(TIM1, TIM_CLEAR);
if (flag){
LED2_set;
flag = 0;
}else{
LED2_clear;
flag = 1;}
VIC0->VAR = 0xFF;
}

причем прерывание вызывается: вставлял счетчик. Если останавливаться в прерывании в отладчике, светодиод мигает...

Второй день бьюсь...