Сейчас пробую вот что - пин SS в ATMega88 это по совместительству PCINT2, так вот, по спаду, ставлю флаг начало пакета, а по фронту конец. В прерывании от SPI проверяю флаг, и если он установлен то это первый байт, ну и мы его сбросим. А если установился флаг конца пакета, то мы выполняем обработчик команды