У меня абсолютно та-же задача. "Убивать FAT не хочется"(с). Ресурсов еще меньше - 2 кб boot области мега168. Ограничивать юзверя тоже не хочется - желательно просто писать файл с образом фирмвари ХХХХ.bin.
Решил пока эту проблему в основной прошивке - там определяется наличие файлика *.bin, проверяется его "легитимность", ищется первый сектор, где размещен файл, потом адрес этого сектора передается загрузчику. Загрузчик прошивает...
Все работает, но на случай "конфузии" в загрузчике проверяется еще и наличие сигнатуры во втором (физическом) секторе карточки. Если там есть сигнатура, принудиельно грузимся оттуда.
Уже было начал писать утилитку для юзеров на основе "CreateFile("\\\\.\\PhysicalDrive0", ... )WinAPI (дабы у них не было проблем), и столкнулся с тем-же - проверка на "именно тот диск" и еще чего-то... Пока забил :) Но надо!
Если таки случится "конфузия", то предложенной ниже утилиткой можно воспользоваться. Геморройно конечно, но не каждый день же надо восстановить работоспособность...