тут нужен режекторный фильтр с высокой добротностью.

Конечно можно поиграться с дополнительными низкочастотными ПЧ,
но, я думаю, в цифре фильтрация и прямое измерение разности частот
будет гораздо лучше (в плане стоимости и стабильности ест-но,
с программой конечно посложнее)