нужен еще make.exe и другие bin утилиты
Для ARM я использовал из ethernut 4.40
http://www.ethernut.de/en/download/index.html
последняя версия 4.41
http://www.ethernut.de/arc/ethernut-4.4.1.exe
В комплекте с http://www.yagarto.org/
make.exe обычно работает со всеми GNU компиляторами
WinAvr я использовал больше 3-х лет назад. В комплекте по моему устанавливался набор bin утилит.
Для запуска на компиляцию нужно обеспечить доступ к утилитам с помощью директивы SET PATH.
Можно написать батник
SET PATH=D:\ethernut-4.4.0\nut\tools\win32;D:\yagarto\bin;%PATH%
make clean TARGET=AT91SAM7X256 BOARD=AT91SAM7XEK CLASS=HID MODE=KEYBOARD
make TARGET=AT91SAM7X256 BOARD=AT91SAM7XEK CLASS=HID MODE=KEYBOARD
"make clean" стирает все скомпилированые файлы
"make" или "make all" компилирует проект обрабатывая файл Makefile
Но лучше поискать среду программирования. Самая простая это редактор Programmers Notepad.