Если поток ждет сообщения в цикле обработки сообщений, или ждет какого-нить event/mutex/semaphore - то он болтается в Idle до наступления нужного события. Движение мышой потока не прерывает, движение мышой всего лишь сует сообщение в очередь о том, что мышь двинулась.