Перенесут туда CLR - тогда посмотрим. Но это не означает, что если передо мной встанет такая задача - буду делать кое-как, не изучив предварительно best engineering practice. Уметь правильно оценивать границы своей некомпетентности - пожалуй, более важная для инженера задача, чем все остальное проектирование.

По п. 3 см. ссылку. Проектировщик должен сам решать, нужна ему очередь сообщений у конкретной нити или нет.

По п. 2 - можно писать все в одном потоке, и часто это проще - но похоже все уперлось в то, что автор первоначального вопроса не умеет писать конечные автоматы, и поэтому ему несколько потоков для организации нескольких параллельных протоколов обмена с приборами по разделяемой шине необходимы. А в таком случае запихивать туда еще и GUI - это удвоение сложности.