static unsigned i;

f1(void)
{
i++;
}

unsigned f2(void)
{
return i;
}
Если f2 вы вынесете в отдельный файл, переменная i просто исчезнет. Её компилер выкинет. (надеюсь что идея в общем ясна)

Я бы на вашем месте makefile написал.