Не знаю, что там глюк на глюке, но лет за 5-6 я не один проект на нём сделал, всё работает. И не то что файлов - каталогов в проекте несколько может быть, и опции компиляции у разных файлов бывают разные. Правда, AVRstudio я не пользуюсь, чего там за ключи она передаёт avr-gcc/ld/... я не знаю.