Пользовал USB контроллер FT245. При определенных условиях входил в ступор и не было связи.
Оказалось что были дешевые китайские шнурки без заземляющей обмотки. Но это так сказать причина.
Еще когда определяется что нет связи по USB ресечу принудительно(в контроллере USB есть ножка аппаратного ресета)в приложении для винды закрываю порт USB и потом открываю.Помогает. Без ресета и переопределения в приожении когда обмен нарушен ни чего не помогает.