CTS/RTS предназначены для синхронизации на уровне отдельных символов, а DTR/DSR предназначены для информации о том, что связь на уровне модема установлена. Обычно не нужно. Ещё есть DCD - сигнализирует, что обнаружен сигнал от модема на другой стороне линии, и RI - индикатор звонка (когда от АТС идёт сигнал вызова).

Обычно это нафиг не надо. DCD, DSR и DTR соединяют вместе, RI вообще не используют. Да и RTS c CTS можно прямо на разъёме соединить, поскольку FIFO размером как раз 16 байт позволяет надеятся на то, что данные будут благополучно приняты даже не гляда на то, чем там занят процессор.