скорее всего, это проблема логики работы Вашей программы с портом, у меня такой проблемы нет. Расскажите, как именно организован обмен.
А по поводу API с FTDI - мне показалось, что никаких преимуществ оно не дает, кроме возможности менять специфические именно для этого переходника настройки