1) регистра сравнения выходит на ОТДЕЛЬНЫЙ триггер, а не на PORTхх. Следовательно, изменение сего регистра ему по барабану.
2) нет времени ждать. Надо вот прямо сейчас иметь требуемый уровень сигнала
3) не ШИМ, однако принудительное сравнение не прокатывает.
OCR2A = TCNT2 + 100;
TCCR2B.FOC2A = 1;
И нифига..