Все провода которые используются в работе платы PCI запаралелены. Индивидуальные типа JTAG, CARD PRESENT обычно не используются. Может в серверных материнках. Ножка которая используется для конфигурирования конечно у каждого слота своя. По моему мнению плата с "чужим" CLK должна работать. При разумной длине проводочка.
P.S. Плиски изучать не так сложно. Вот есть заготовка PCI платы с двусторонним обменом.