ну еще можно попробовать отключить индексацию Indexing которая но у меня не получилось ее выключить - хотя вроде бы должно было
когда мне достался файл размером в 250к кода - я его не пытался в нем даже :) - можно было пить чай пока оно повернется... но правда у меня были отягчающие обстоятельства - оно все жило в варе. Хотя большие файлы еклипс наверное принципиально не любит. Жабистам большие кстати файлы делать религия и тим лид запрещают.