Атмега64 стартует толи от низкочастотного резонатора (часового видимо) толи от своего rC генератора. Тихонечко (насколько стартовый источник позволяет) шевелит SPI ногами и организует себе внешний клок от потустороннего источника. Ей какие FUSE биты при программированиие FLASH памяти прошить надо чтобы она такое провернула. Или их можно как то на ходу махнуть.... или я чего то не понимаю