Мега8 с внутренним генератором 1MHz (CKSEL = 1).
Почему программатор видит кристалл с такой командной строкой? Ну или как Мега отвечает программатору, который работает на такой скорости?

avreal.exe +mega8 -p2 -as -o40000

Из хелпа:
-o<число> Задать частоту установленного кварца для настройки скорости SPI
        <число>=<частота> допускается с плавающей точкой и единицами
        измерения частоты Hz, kHz, MHz, например,
            -o3.686MHZ
            -o14745600hz
        При отсутствии единиц измерения для совместимости с
        предыдущими версиями считается, что частота в килогерцах.
        При отсутствии ключа частота по умолчанию 800 (0.8MHz)
И из FAQ:
Q8. А почему программирование происходит ТАК МЕДЛЕННО? 
A. А не забывайте про ключик -o частота установленного на кристалл кварца. Исходя из этой частоты рассчитывается, сколько времени должны присутствовать уровни '0' и '1' на входе SCK кристалла. По умолчанию 800kHz (чтобы точно заработало на кристаллах с внутренним RC-генератором на 1MHz) и avreal соответственно занижает частоту обмена. Начиная с версии 1.23rev2 добавлен поллинг при записи памяти кода (ключ -wp), это также повышает скорость записи.