Можно проапдейдить каждый файл/папку индивидуально.
Можно сделать ветки, и передавать конкретные изменения между ними.
Можно, в конце концов написать батник , в который включить апдейт интересующих файлов.
Можно вынести некоторый код, (скажем, конфиги) в отдельные файлы, и НЕ ВКЛЮЧАТЬ ИХ В КОНТРОЛЬ ВЕРСИЙ, а в каждой рабочей копии создавать индивидуальные.

Но так, как ты хочешь , программа НЕ РАБОТАЕТ.
В чём можно убедиться, просто полазив по менюшкам.