Ответ: Я выкрутился так: зашил программу в девайс и убедился, что Fast PWM реально работает и дальше при отладке в симуляторе больше не обращал внимание на то, что "показвает" счётный регистр таймера в Fast PWM Mode....Хотя конечно приходиться иногда извращаться когда юзаются прерывания от таймера в этом режиме - приходиться вручную обнулять и устанавливать Request на прерывание