посылает железка (по запросу) случайную последовательность, программа шифрует своим ключем
железка расшифровывает и/или проверяет, в ответ посылает жизненно необходимую информацию, желательно переменного характера, например синхронизировать часы с железкой и информация зависит от времени.
Проверку делать во многих жизненно важных участках ПО, но не тупо повторяя написанное, а постоянно модифицируя код, чтоб ломать было гемор.