перепробовал несколько вариантов не работает.
Или вызывается два раза иди совсем не вызывается

в main

    for (i=0;i<8;i++) *AT91C_AIC_EOICR = 0;   
    systime_init();
  __enable_interrupt(); 

Инициализация и обработчик вот:

__irq __arm void systime_isr(void)         /* System Interrupt Handler */
{ 
  
   //If this is RTT interrupt
    if (AT91F_RTTGetStatus(AT91C_BASE_RTTC) != 0)
    {
       if (Timer) Timer--;
    }
   AT91C_BASE_AIC->AIC_EOICR = 0;
}
//---------------------------------------------------------------------------
void systime_init(void)   // Setup PIT with Interrupt
{   
	AT91S_AIC * pAIC = AT91C_BASE_AIC;
	
        AT91F_RTTC_CfgPMC(); // включаем тактирование таймера 
        
        
	*AT91C_PITC_PIMR = AT91C_PITC_PITIEN |    // PIT Interrupt Enable 
                     AT91C_PITC_PITEN  |          // PIT Enable 
                     PIV;                         // Periodic Interval Value 
	// Setup System Interrupt Mode and Vector with Priority 7 and Enable it 
	pAIC->AIC_SMR[AT91C_ID_SYS] = AT91C_AIC_SRCTYPE_INT_POSITIVE_EDGE | 7;
	pAIC->AIC_SVR[AT91C_ID_SYS] = (unsigned long) systime_isr;
	pAIC->AIC_IECR = (1 << AT91C_ID_SYS);
        AT91F_RTTGetStatus(AT91C_BASE_RTTC);
}

На SAM7S128 работал таймер, исходники дома, но хочется добить уже сегодня :-)