оно хранит координаты компонента - их видно в свойствах символа, если выбрать фильтр для свойств "layout". если кусок схемы из старого проекта скопировать, то при скидывании в разводку они окажутся уже расставленными так, как в старом проекте. иногда это удобно ;).

Можно либо убить все координаты в свойствах символа, либо применить механизм передачи мнфо из разводчика обратно в схему, либо просто удалить элемент и поставить на его место компонент из библиотеки или из кэша.