Однако, я и не думал оцифровывать все пикселы каждого квадрата. Можно взять один пиксел, но время от времени менять его расположение. Хотя, конечно, лучше осреднять по нескольким пикселам квадрата. Что-то мне в голову приходят мысли о замене AVR на какой-нибудь мелкий ACEX. Или даже CPLD. В самом деле, если он должен только сравнивать и давать "отмашку" на запуск оцифровки в нужном месте нужной строки, то может микроконтроллер тут вообще не очень нужен?..