такие виа, к которым не подключены линии? Да, они теряют связи при перезагрузке нетлиста и происходит отторжение от CuPour. Не знаю эффективного способа борьбы с этим, сам соединяю такие виа линиями, которые соединяю с каким-нибудь падом, подключенным к CuPour, тогда виа не теряют связи. Кроме этого еще на что жалуетесь?