Размер сектора - не волнует, все равно пропадает без дела. Время стирания - можно ведь стирать не до записи, а после. Сложно давать советы, не зная ни частоты записи, ни доступного количества ресурсов в альтере. Однако могу предложить такой вариант: Отвести на сохранение 2 страницы. При загрузке, если в 1 странице нет признака сохраненных параметров (какой-нибудь бит с 0 значением), читать 2 страницу. При записи - писать новое значение в другую страницу + признак, а на старую страницу подать команду стирания. Если писать реже, чем 1 раз в 2 секунды, то задержек не будет.