Неправильно понимаешь. Переключение происходит и без команды записи в EEPROM, а уж если такая была - то никакого восстановления не будет. А задавать протоколы можно ЛЮБЫЕ, и не только индивидуально портам, но и раздельно входу и выходу каждого порта - например, порт 1 - NMEA выход, TSIP вход, и т.д.