Зачем 2 МК??? Использовать в МК один таймер и два его входа Capture. Опять же - конкретная реализация очень сильно зависит от диапазона частот измеряемых сигналов. Будь любезен, приводи всю информацию СРАЗУ, а не заставляй ее из тебя щипцами вытягивать по кусочкам