Для усугубления - тем же методом, что расписал GM, только еще с кучей наворотов - накопление/фильтрация/масштабирование на ходу, дитеринг для сглаживания ступенек и т.д. я многоканально измеряю частоты в своей аппаратуре, которая по миру разошлась сотнями экземпляров. Точность(!) и дискретность измерений - порядка 10Е-9 (0.0001 ГЦ для сигнала 100 КГЦ) при 10-миллисекундном цикле измерений и частоте таймера МК в 100 МГЦ. Опора - TCXO, в последних разработках - GPS. И резервы еще есть :))