У CF если мне память не изменяет интерфейс совместим с IDE, т.е эти карты можно использовать вместо винчестера(в подтверждении этих слов у меня на столе стоит девайс на промышленном компе, который грузится с CF карты), проблема решается простым переходником между разъемами карты с стандартного IDE.