при включении питания замеряешь период времени, например 1 сек по этому таймеру и ожновременно подсчитываешь такты контроллера. Потом делишь и получаешь точное количество тактов за 10 мСек. Но есть один момент особенно если тики в прерываниях ( как обычно и бывает ) это время входа в прерывание. Проблема решается если таймер в контроллере перегружается аппаратно. Как это сделано в АтМегах, я не в курсе.