Ответ: Да, собсно, без разницы, хоть перезапуститься по новой, хоть прыгнуть в инициализацию периферии. За питтанием самого микроконтроллера, ессно, следит ватчдог. Если он ресет не придавит, то генераторы и т.п. можно не перезапускать. Главное переинициализировать периферию, дабы не было неоднозначности её состояния.