При отладке SAM7S в IAR(J-Link) в обработчике прерывания USART RX просматриваю состояние регистров (в окошке Registers C-SPY) и при этом обнуляется флаг RXRDY, как будто регистр RHR считан. Следовательно при считвании регистра состояния в программе, принятый байт не считывается. Это так и должно быть при отладке?