Разница в том, что WDT позволяет бороться со случайными и неповторяющимися ашыпками. Понятно, что коряво написанную программу он не поправит
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)
Вот, например, у MSP430 я обнаружил чудный косяк - при пониженном напряжении питания АЦП может не выставлять бит окончания преобразования. Любая прога, использующая поллинг этого бита и не использующая WDT зависнет!