Вот так все работает (ise 10.1):

module top_pci( CLK, AD, CBE, RST, INTA, REQ, GNT, FRAME, IRDY, IDSEL, DEVSEL, TRDY, STOP, PAR, PERR, SERR,

.............................................................

 ila_0  ila0  (.CLK(CLK), .TRIG0 (trig_ila0), .CONTROL (control0)) /* synthesis syn_noprune =1 */;
 icon_0 icon0 (.CONTROL0 (control0))  /* synthesis syn_noprune =1 */;
endmodule
/*=================================================================================================*/
module ila_0 (CLK, CONTROL, TRIG0);/* synthesis syn_preserve =1 syn_keep =1  */
  input CLK;
  inout [35 : 0] CONTROL;
  input [31 : 0] TRIG0;
endmodule   

module icon_0 (CONTROL0);/* synthesis syn_preserve =1 syn_keep =1 */
  inout [35 : 0] CONTROL0;
endmodule     
/*=================================================================================================*/
/*  каталоге с исходниками .v/.vhd проекта должны лежать ila_0.ngc, icon_0.ngc , синтезированные core_generator.*/

Но хотелось, чтобы в хвосте модуля, где подключаются ila, icon не нужно было их объявлять....