С директивой непонятно, ну и фиг с ней.

Вот мне помнится, что я с этими chipscope и signal-tap мучался только с защитой сигналов от хулиганства синтезатора. Иерархию сохранял, не давал регистры всякие объединять, дуплицировать и ретаймить.
Действительно, бывало нужно ловить событие, а триггер средствами анализатора не получается сделать. Тогда я втыкал в код (на VHDL) нужные вычисления, чтобы получить сигнал триггера. А поскольку больше нигде результирующий сигнал не требовался, то его нужно было защищать от выкидывания синтезатором.

А вот чтобы сам анализатор защищать от изничтожения - не припомню.
Попробуйте найти какой-нибудь tutorial по анализатору и тупо по шагам пройти его. Не на своем проекте, а на демонстрационном каком-то.
Все из GUI должно само получаться одной кнопкой.

Вот может быть неприятность такая, что с внешним синтезатором оно просто так не дружит.

А проект точно в xst плохо синтезируется?
Для меня год назад xst был лучше, чем synplify, а 4 года назад встроенный в quartus синтезатор не уступал соответствующей времени версии synplify. Конечно, при некотором стиле кодирования, когда синтезатору работы не слишком много достается.