Проблема может быть в том что FTP алтеры не поддерживает докачку файлов размером более 2Г. А при закачке флешгетом при обрыве связи на участке свыше 2Г закачка подхватывается ровно с 2Г и пристыковывается к концу файла. По окончании видно что длина файла не совпадает с оригиналом. PS Чтобы упредить советчиков. Проверено на XP, VISTA на дисках NTFS.