Проблема в общих чертах:
После конфигурирования ПЛИС (Cyclone III) ноги, которые смотрят на EPCS переназначаются DATA0 (13), DCLK(12), ASDO/DATA1(6) (не хватает ножек, приходится использовать эти, впрочем, планируется их использовать тоже для SPI).

Загружаю в Quartus Programmer sof-файл своего проекта, в NIOS во время отладки программа прекрасно работает (чтение/запись SPI EEPROM подключенной параллельно с EPCS, кроме ноги CE, естественно).

Проблема собственно в попытке прошить в EPCS всё вместе (конфигурацию ПЛИС + программу), Flash Programmer NIOS'a отказывается прошивать. Хотя контроллер epcs включен в процессор, но я так думаю, из-за переназначения роли ножек, после загрузки sof-файла он не может ими корректно управлять.
===
Using cable "USB-Blaster [USB-0]", device 1, instance 0x00
Resetting and pausing target processor: OK
No EPCS layout data - looking for section [EPCS-000000]
Unable to use EPCS device
Leaving target processor paused
===

Собственно вопрос в том, как сформировать образ для прошивки вручную. Я пробовал так:
sof2flash --epcs --input=hwfile.sof --output=hwfile.flash --verbose
elf2flash --epcs --after=hwfile.flash --input=swfile.elf --output=swfile.flash
nios2-elf-objcopy –-input-target srec –-output-target ihex swfile.flash swfile.hex

Затем, Quartus->Convert Programming Files
Programming file type: JTAG Inderect Configuration file (.jic)
Configuration device: EPCS16

Затем добавляю:
Add Device (EP3C25)
Add SOF Data->Add SOF file (hwfile.sof)
Add HEX Data->Absolute addresing (swfile.hex)

И жму 'Generate', получается некий output.jic, после прошивки которого в EPCS нихрена не работает. Если выкинуть swfile.hex, то зашивается и потом можно под NIOS'ом с этой конфигурацией работать через отладчик.

Собственно вопрос: как быть? Как правильно сформировать образ (.jic) чтобы его можно было прошить одним махом через Quartus Programmer?
(Использую Quartus 8.0 + NIOS 8.0, ОС Windows или Linux)