> Поставил только Quartus NIOS и SP3 к ним
> dll и dat файлы подбросил
>
>Quartus жалуется ...
Это потому, что в квартусовском лицензионном файле нет фичи для NiosII. См. ниже в этой же ветке.

> При программировании через USB Blaster тоже выдает окошко, что есть > функции с ограничением по времени.
Еще один момент - после того, как в лицензионный файл пропишите нужные фичи, ОБЯЗТЕЛЬНО нужно пересобрать проект в SOPC Builder'е (т.к. этот самый оперкореплюс добавляется в проект именно на этом этапе). После этого квартус должен все компилировать безо всяких ограничений.
И еще, до кучи. Рекомендую делать Auto Assign Base Addresses и Auto ssign Interrupts в меню System SOPC Builder'а. При этом задается распределение адресного пространства, которое билдер по каким-то своим соображениям считает оптимальным.
Ну и после любых изменений, сделанных в SOPC Builder'е, нужно делать Refresh библиотеки проекта в IDE (чтобы IDE узнало б этих изменениях).

> IDE не компилит жалуется:
Это потому, что библиотека IP-ядер не была установлена.

> Поставил IP CORE и SP3
> Quartus так же себя ведет.
Ну так нужных фичей в лицензионном файле как не было, так и нет.

> IDE похоже скомпилировал, но RUN и DEBUG завершаются с одинаковой ошибкой (закладка Console)
Первое, что нужно проверить в проекте - это настройку JTAG Debug Module для компонента cpu в SOPC Builder'е. В данном случае должен быть Level 1.
Второе - проверить настройки библиотеки проекта (System Library Properties, или что-то в этом роде) в IDE - где находится сегменты кода, данных, стек и т.п. Для этого проекта все должно быть в On-Chip RAM.
Ну и третье - проверить USB Blaster. Если он нормально конфигурирует плиски, то это еще ничего не значит. Альтера не просто так Revision C сделала. Для проверки попробуйте загрузить код байтбластером LPT'шным.