spiclk реально тактирует внутренние триггеры FPGA? Если нет, то и обконстрейнить его как клок будет нельзя, так как клоком может являться только сигнал, непосредственно тактирующий триггер. Как я понимаю, тактирование идет system_clock, следовательно все констрейны должны быть только относительно него. Таким образом придется написать отдельный констрейн на spiclk относительно system_clock, и отдельные констрейны для sdin/out, и тоже относительно system_clock.