Обычно просто в проект добавляются необходимые исходники из другого проекта. А путь к файлу инициализации указывается в аттрибуте "init_file" у экземпляра модуля altsyncram, описывающего ПЗУ, примерно так:
altsyncram altsyncram_instance (
.....
);
defparam
altsyncram_instance.init_file = "/home/workdir/projects/proj1/mydata.hex",
...,
...;
И там можно описать как и абсолютный путь, так и относительный. (это кстати генерирует мегавизард, и путь указывается в нем, руками ковыряться в сгенеренных им файлах не самое лучшее дело).
У Вас похоже указан относительный путь, поэтому при использовании той же ПЗУхи в другом проекте она думает, что инит-файл лежит в новой директории проекта, а его там нет. Просто переделайте на абсолютный.