2. Да, автоматически - если у Вас сегмент кода располагается в On-Chip RAM, Ваш hex-файл находится в папке квартусовского проекта и называется onchip_memory.hex. Если исполняемый код живет во внешнем ОЗУ, то нужно организовывать загрузку исполняемого кода после завершения конфигурации FPGA.
3. Вся необходимая документация там : http://www.altera.com/literature/lit-nio2.jsp