Нет никаких ошибок ни в 5, нив 7 версиях. Для квартуса fa5 и fa[5] это не одно и тоже. Я не знаю как описывать автомат в ahdl. Но зачем эти биты. Возьмите Антонова MACHINE WITH STATES(INIT, WORKING); переходите на верилог. Есть море рекомендаций по автоматам. И все прекрасно в квартусе работает. Насчет смены версий. Если автомат не работает хоть в одной из версий, то квартус тут не причем.